Es importante distinguir bien entre estos dos términos. Laicidad significa que el Estado no tiene una religión oficial, pero que tampoco prohíbe ni combate las religiones. El Estado permite que las personas vivan su fe y la expresen libremente. El laicismo, por el contrario, es hostil a toda forma de religión y pretende prohibir cualquier forma de expresión o manifestación religiosa en público, en las escuelas, etc.

Cuando se habla de la separación entre la Iglesia y el Estado, se trata de la sana distinción entre el ámbito político y el ámbito religioso, lo cual no siempre ha sido fácil de vivir a lo largo de la historia. En Francia, por ejemplo, la Revolución de 1789 prohibió toda influencia de la religión católica: fue el período del Terror; incluso se obligaba a los sacerdotes, bajo pena de muerte, a prestar juramento de obediencia al Estado en lugar de al papa de Roma. Algunos años más tarde, el emperador Bonaparte, al constatar que la religión era, pese a todo, necesaria para la estabilidad del Estado, restableció los vínculos con la Iglesia de Roma mediante el Concordato de 1801. A pesar de ello, un espíritu anticlerical continuó reinando en gran parte de la clase política francesa, y el Parlamento aprobó, en 1905, la Ley de separación de las Iglesias y el Estado.

En 2005, con ocasión del centenario de esta ley, el papa san Juan Pablo II escribió una Carta a los obispos de Francia. El cardenal Jean-Pierre Ricard, entonces presidente de la Conferencia de los Obispos Católicos de Francia, resumía así esta carta del Papa:

« Juan Pablo II distingue entre laicidad y laicismo. Este último es una actitud hostil a toda religión, que considera una humillación de la razón y una fuente de violencia y de intolerancia… En oposición al laicismo, es importante precisar bien la justa concepción del principio de laicidad "que también pertenece —dice el Santo Padre— a la Doctrina Social de la Iglesia". Expresa la no confesionalidad del Estado y la justa autonomía del Estado y de la Iglesia. El Estado no interviene en la vida interna de la Iglesia y, recíprocamente, la Iglesia no interviene habitualmente en el funcionamiento del Estado y de los poderes públicos, salvo cuando está en juego el respeto de los principios fundacionales de nuestra vida social. Esta autonomía no significa ignorancia mutua, sino diálogo ».

En su exhortación apostólica sobre la Iglesia en Medio Oriente (14 de septiembre de 2012, n.º 29), el papa Benedicto XVI escribía: 

« La sana laicidad… a sana laicidad, por el contrario, significa liberar la religión del peso de la política y enriquecer la política con las aportaciones de la religión, manteniendo la distancia necesaria, la clara distinción y la colaboración indispensable entre las dos. Ninguna sociedad puede desarrollarse sanamente sin afirmar el respeto recíproco entre la política y la religión, evitando la tentación constante de mezclarlas u oponerlas… Pues ambas dimensiones están llamadas, incluso con la necesaria distinción, a cooperar armónicamente en la búsqueda del bien común. Dicha sana laicidad garantiza que la política actúe sin instrumentalizar a la religión, y que se pueda vivir libremente la religión sin el peso de políticas dictadas por intereses, a veces poco conformes, y con frecuencia hasta contrarios a las creencias religiosas. »